蛋白檢索數(shù)據(jù)庫相關(guān)推薦
日期：2023-12-22 08:50:00
①UniProt：Universal Protein 的英文縮寫，UniProt是一個綜合性的、信息最豐富、資源最廣的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫。提供了大量蛋白質(zhì)的序列、結(jié)構(gòu)、功能、互作關(guān)系和注釋信息。它整合了多個來源的數(shù)據(jù)，包括Swiss-Prot、TrEMBL和PIR數(shù)據(jù)庫。他的數(shù)據(jù)主要來自于基因組測序項(xiàng)目完成后，后續(xù)獲得的蛋白質(zhì)序列。它包含了大量來自文獻(xiàn)的蛋白質(zhì)的生物功能的信息。
UniProt: https://www.uniprot.org/
②proteinatlas：由十個獨(dú)立的部分組成，每個部分側(cè)重于人類蛋白質(zhì)全基因組分析的一個特定方面。內(nèi)含近30000種人類蛋白質(zhì)的組織和細(xì)胞分布信息，有大量免疫組化圖片對比，并提供免費(fèi)查詢。
proteinatlas：https://www.proteinatlas.org/
③NCBI Protein：NCBI Protein是美國國家生物技術(shù)信息中心（NCBI）提供的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫，包含了大量的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)，可以進(jìn)行蛋白質(zhì)的基本信息查詢和比對分析。
NCBI Protein: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/
④phosphosite：。PhosphoSitePlus數(shù)據(jù)庫是一個由CST和NIH聯(lián)合開發(fā)的免費(fèi)資源數(shù)據(jù)庫，總結(jié)歸納了海量通過科學(xué)研究發(fā)現(xiàn)的蛋白修飾位點(diǎn)，包括磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等，并包括一些公司發(fā)現(xiàn)但未發(fā)表的蛋白修飾位點(diǎn)。該數(shù)據(jù)庫是動態(tài)的、開放的、高度互動并持續(xù)更新的，有助于研究PTMs在細(xì)胞/組織中的作用，以及發(fā)現(xiàn)新的疾病標(biāo)志物和藥物靶點(diǎn)，同時可以與NCBI/SwissProt/PDB交叉應(yīng)用。
phosphosite：https://www.phosphosite.org/homeAction.action
⑤InterPro：InterPro是一個蛋白質(zhì)家族和結(jié)構(gòu)域注釋數(shù)據(jù)庫，整合了多個注釋資源的信息。它提供了蛋白質(zhì)序列的功能和結(jié)構(gòu)域注釋，幫助研究人員理解蛋白質(zhì)的功能和結(jié)構(gòu)。
InterPro: https://www.ebi.ac.uk/interpro/
⑥BioXFinder：BioXFinder是國內(nèi)第一個也是唯一一個生物數(shù)據(jù)庫：收錄50多萬條高質(zhì)量的、整合多個來源數(shù)據(jù)，手工注釋的非冗余的蛋白質(zhì)信息，包含蛋白質(zhì)的基本信息、序列、序列特征、功能、名稱和譜系、亞細(xì)胞定位、疾病與變異、翻譯后修飾、表達(dá)、相互作用等信息。
BioXFinder：https://bio.bcpmdata.com/
⑦KEGG：KEGG是一個生物信息學(xué)資源，包括了基因組、基因、蛋白質(zhì)、代謝通路和疾病等信息。它提供了蛋白質(zhì)序列、功能注釋、代謝通路和信號通路的信息，用于研究生物系統(tǒng)和藥物開發(fā)。
KEGG: https://www.genome.jp/kegg/
⑧Kazusa：這是日本一個專門的密碼子數(shù)據(jù)庫，在里面先輸入你要表達(dá)的動物的名稱，就可以得到關(guān)于這個哺乳動物表達(dá)系統(tǒng)的密碼子偏愛性表，然后把氨基酸序列翻譯成相應(yīng)的偏愛密碼子就可以了！
Kazusa：http://www.kazusa.or.jp/codon/
⑨CDD(Conserved Domain Database)：CDD是蛋白質(zhì)保守結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫，收集了大量保守結(jié)構(gòu)域序列信息和蛋白質(zhì)序列信息。一個蛋白質(zhì)的保守結(jié)構(gòu)域在一定程度上體現(xiàn)了該蛋白質(zhì)的功能，檢索時通過CD-Search服務(wù)，可獲得蛋白質(zhì)序列中所含的保守結(jié)構(gòu)域信息，從而分析、預(yù)測該蛋白質(zhì)的功能。
CDD：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml
UniProt: https://www.uniprot.org/
②proteinatlas：由十個獨(dú)立的部分組成，每個部分側(cè)重于人類蛋白質(zhì)全基因組分析的一個特定方面。內(nèi)含近30000種人類蛋白質(zhì)的組織和細(xì)胞分布信息，有大量免疫組化圖片對比，并提供免費(fèi)查詢。
proteinatlas：https://www.proteinatlas.org/
③NCBI Protein：NCBI Protein是美國國家生物技術(shù)信息中心（NCBI）提供的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫，包含了大量的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)，可以進(jìn)行蛋白質(zhì)的基本信息查詢和比對分析。
NCBI Protein: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/
④phosphosite：。PhosphoSitePlus數(shù)據(jù)庫是一個由CST和NIH聯(lián)合開發(fā)的免費(fèi)資源數(shù)據(jù)庫，總結(jié)歸納了海量通過科學(xué)研究發(fā)現(xiàn)的蛋白修飾位點(diǎn)，包括磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等，并包括一些公司發(fā)現(xiàn)但未發(fā)表的蛋白修飾位點(diǎn)。該數(shù)據(jù)庫是動態(tài)的、開放的、高度互動并持續(xù)更新的，有助于研究PTMs在細(xì)胞/組織中的作用，以及發(fā)現(xiàn)新的疾病標(biāo)志物和藥物靶點(diǎn)，同時可以與NCBI/SwissProt/PDB交叉應(yīng)用。
phosphosite：https://www.phosphosite.org/homeAction.action
⑤InterPro：InterPro是一個蛋白質(zhì)家族和結(jié)構(gòu)域注釋數(shù)據(jù)庫，整合了多個注釋資源的信息。它提供了蛋白質(zhì)序列的功能和結(jié)構(gòu)域注釋，幫助研究人員理解蛋白質(zhì)的功能和結(jié)構(gòu)。
InterPro: https://www.ebi.ac.uk/interpro/
⑥BioXFinder：BioXFinder是國內(nèi)第一個也是唯一一個生物數(shù)據(jù)庫：收錄50多萬條高質(zhì)量的、整合多個來源數(shù)據(jù)，手工注釋的非冗余的蛋白質(zhì)信息，包含蛋白質(zhì)的基本信息、序列、序列特征、功能、名稱和譜系、亞細(xì)胞定位、疾病與變異、翻譯后修飾、表達(dá)、相互作用等信息。
BioXFinder：https://bio.bcpmdata.com/
⑦KEGG：KEGG是一個生物信息學(xué)資源，包括了基因組、基因、蛋白質(zhì)、代謝通路和疾病等信息。它提供了蛋白質(zhì)序列、功能注釋、代謝通路和信號通路的信息，用于研究生物系統(tǒng)和藥物開發(fā)。
KEGG: https://www.genome.jp/kegg/
⑧Kazusa：這是日本一個專門的密碼子數(shù)據(jù)庫，在里面先輸入你要表達(dá)的動物的名稱，就可以得到關(guān)于這個哺乳動物表達(dá)系統(tǒng)的密碼子偏愛性表，然后把氨基酸序列翻譯成相應(yīng)的偏愛密碼子就可以了！
Kazusa：http://www.kazusa.or.jp/codon/
⑨CDD(Conserved Domain Database)：CDD是蛋白質(zhì)保守結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫，收集了大量保守結(jié)構(gòu)域序列信息和蛋白質(zhì)序列信息。一個蛋白質(zhì)的保守結(jié)構(gòu)域在一定程度上體現(xiàn)了該蛋白質(zhì)的功能，檢索時通過CD-Search服務(wù)，可獲得蛋白質(zhì)序列中所含的保守結(jié)構(gòu)域信息，從而分析、預(yù)測該蛋白質(zhì)的功能。
CDD：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml
